Ein direkter Erregernachweis erfolgt mittels so genanntem Enzym-Immuntest (EIA) aus dem Stuhl der Patienten. Es gibt auch Schnelltests, die innerhalb einer Viertelstunde ein Ergebnis liefern. Mittels einer speziellen molekularbiologischen Methode (PCR = Polymerase-Kettenreaktion) ist eine genaue Untersuchung des Rotavirustyps möglich; dieses vergleichsweise aufwendige Verfahren wird aber nur bei bestimmten Fragestellungen angewendet, zum Beispiel um damit Infektketten aufzuspüren.