Es gibt verschiedene Impfstoffe, die gegen unterschiedliche Meningokokken-Typen schützen. Die so genannten Konjugatimpfstoffe sind bereits für Kinder ab 2 Lebensmonaten geeignet sind. Sie sind gegen Meningokokken vom Typ C bzw. die Typen A, C, W und Y (Vierfachimpfstoff) gerichtet und bewirken einen sehr guten, lang anhaltenden Schutz.  Konjugatimpfstoffe bewirken auch ein immunologisches Gedächtnis: Nach der Impfung entstehen Gedächtniszellen, deshalb ist der Impfschutz sehr langanhaltend, möglicherweise besteht der Schutz sogar lebenslang.

Die früher verwendeten Polysaccharid-Impfstoffe werden in Kürze nicht mehr verfügbar sein.

Gegen den Typ B, der die meisten Infektionen verursacht, gibt es seit Ende 2013 einen Proteinimpfstoff. Eine STIKO-Empfehlung steht noch aus, in Sachsen und Mecklenburg-Vorpommern ist die Impfung bereits empfohlen.